Zakład Zdrowia Publicznego został utworzony został 1 kwietnia 2001 r. Twórcą i pierwszym kierownikiem Zakładu został prof. zw. dr hab. n. med. Jerzy Szczerbań, były organizator i kierownik Kliniki Chirurgii Ogólnej i Chorób Wątroby AM w Warszawie i wieloletni dyrektor ds. rozwoju nauki w kwaterze głównej Światowej Organizacji Zdrowia.
Wielodyscyplinarny charakter zadań wymagał zaangażowania kadr naukowo-dydaktycznych o specjalnościach pozostających dotąd poza tradycyjnie rozumianymi naukami medycznymi. Obok nauczycieli akademickich o wykształceniu medycznym zatrudniono specjalistów reprezentujących między innymi takie dyscypliny jak: prawo, ekonomia, etyka, organizacja i zarządzanie, socjologia, psychologia zdrowia czy pedagogika. Z uwagi na szczególnie istotny wpływ czynników środowiskowych na stan zdrowia populacji Zakład od początku istnienia ściśle współpracował w zakresie opracowania zakresu tematycznego przedmiotów oraz ich prowadzenia z ówczesną Samodzielną Pracownią Profilaktyki Zagrożeń Środowiskowych, kierowaną przez prof. zw. dr hab. n. med. Bolesława Samolińskiego (obecnie Zakład Profilaktyki i Zagrożeń Środowiskowych, Alergologii i Immunologii). Rok akademicki 2000/2001 inicjował zajęcia na kierunku magisterskim zdrowie publiczne, a także prowadzenie przedmiotu zdrowie publiczne oraz szeregu innych kierunkowych przedmiotów z tego zakresu (jak promocja zdrowia, organizacja i zarządzanie w ochronie zdrowia, prawo medyczne czy ekonomika zdrowia) na wszystkich kierunkach Wydziału Nauki o Zdrowiu oraz na Wydziałach Lekarskich. Od tamtego okresu skład osobowy nieustannie się zwiększał, podobnie jak liczba przedmiotów oraz projektów badawczych.
W roku 2006 prof. Jerzego Szczerbania zastąpił dr hab. n. med. Jerzy Karski – wybitny znawca problematyki promocji zdrowia – pełniąc funkcję p.o. kierownika Zakładu. W roku 2007 w wyniku konkursu stanowisko kierownika Zakładu objął prof. zw. dr hab. n. med. Janusz Ślusarczyk, immunolog i wirusolog, specjalista z zakresu higieny i epidemiologii. Prof. Janusz Ślusarczyk był pracownikiem i wielokrotnym konsultantem Światowej Organizacji Zdrowia, współpracując z Biurem Regionalnym Europy oraz Azji Południowo-Wschodniej w Globalnym Programie HIV/AIDS. W latach 2013-2014 obowiązki kierownika pełnił dr n. med. Wojciech Boratyński, specjalista neurochirurgii oraz doświadczony menedżer ochrony zdrowia, wieloletni dyrektor Szpitala Wolskiego i Dziecięcego przy ul. Litewskiej w Warszawie. W roku 2014 kierownikiem zakładu został dr hab. Adam Fronczak, specjalista w zakresie w zakresie chorób wewnętrznych. farmakologii klinicznej oraz zdrowia publicznego, a także ekspert w obszarze polityki zdrowotnej, który w okresie 2007- 2011 pełnił funkcję podsekretarza Stanu w Ministerstwie Zdrowia.
Od roku 2020 kierownikiem Zakładu jest prof. dr hab. med. Mariusz Gujski, równocześnie Dziekan Wydział Nauk o Zdrowiu.